Это будут объяснения человека, который в этом ничего не понимает
Могу предположить, что это связано с различием передаваемых данных по шине AGP, в dos игровой кадр формируется в оперативной памяти и потом скармливается видеокарте, в w98 (d3d, ogl) игровой кадр формируется непосредственно в буфере видеокарты и по шине передаются уже текстуры и расчеты геометрии. Поэтому в первом случае, задержки по шине AGP сильнее влияют на производительность системы.