Lirk, лучше всего запускать так:
KEYRUS /BASE_KEYS=on /KEYS=KEYBOARD.KBD
/BASE_KEYS=Off делает ровно обратное - не даёт менять английскую раскладку на пользовательскую из KBD-файла.
По поводу альтернативной - они же там в KEYEDIT выбираются, смотрите меню внизу. Всего 6 штук можно записать в KBD:
F1 - русская, строчные буквы;
F2 - русская, прописные (с Shift);
F3 - альтернативная;
F4 - альтернативная с Shift;
F5 - английская, строчные;
F6 - английская, прописные.
Вам нужно поменять F5 и F6, это раскладка по умолчанию.
Речь про версию 7.3 Keyrus.
Под DOSBox у меня всё работает:

- dosbox_003.png (4.53 КБ) 1373 просмотра
(Раскладку я не менял, то есть ввёл это "qqqq", потом запустил Keyrus, потом опять понажимал это самое "qqqq", вместо которого теперь показывается "ыыыы".
Естественно, под консолью XP может и не работать - там вообще многие DOS-программы глючат, в том числе и Keyrus.
Ну и учитывайте, что /KEYS и /BASE_KEYS не работает динамически,
их надо указывать при первом старте KEYRUS. Если он уже запущен без них, то они не сработают.