В границы 4K сектора помещаются 8 512B секторов и проблем нет, но DOS/Win9x используют старую CHS разметку - первые 63 сектора используются boot разделом, таким образом FAT раздел оказывается смещён и те же 512B сектора занимают уже 2 4K сектора, т. е. SSD должен производить в 2 раза больше операций (Read-Modify-Write) и работает медленнее.
Чтобы этого не было, нужно выровнять FAT раздел(ы) по 4K границе, сохранив при этом CHS совместимость (иначе установщик виндов вылетит в BSoD), сделать это можно создав после boot раздела пустой раздел определённого размера, чтобы FAT раздел начинался после него.
Ничего не объяснил, но как-то так
На Вогонсе у тех кто сделал получился прирост производительности SSD ~20-30 MB/s.